秋季腹泻一般表现为感染病毒后，潜伏期为1至3天。在消化道症状出现前，约20%至30%患儿先有上呼吸道症状。起病突然，多数患儿最初是发热，体温可达38-40℃，多合并上呼吸道感染症状，如流鼻涕、打喷嚏、鼻塞、微咳、咽部腹泻不适等，有严重水样腹泻和呕吐。几乎全部病人均有呕吐，且呕吐多出现在腹泻之前，持续2至3天。腹泻持续时间最长可达28天。

    腹泻初期1至2日内即排出水样便，大便稀薄、色淡，有时呈白色米汤样或清水样便，黏液少，很少腥臭味，化验检查大便脓细胞很少见，多有严重的口渴和明显的烦躁。一般有轻度或中度脱水，抗生素治疗无效，多在5至7日内自然痊愈。

    婴幼儿患上秋季腹泻后多导致营养不良、多种维生素缺乏和多种感染。如鹅口疮、中毒性肝炎；营养不良、贫血和维生素缺乏。预后的好坏决定于当时的营养状况和治疗的迟早。一般来说，秋季腹泻预后良好。营养不良和佝偻病患儿发生腹泻时则由于机体调节功能较差，所以预后相对也较差。